Universitas Muhammadiyah Kudus memiliki 13 program studi, meliputi 2 Program Studi Diploma Tiga (D3), 10 Program Studi Sarjana (S1) dan 3 Program Profesi
| No. | Program studi | Jenjang | Status |
| 1 | Keperawatan | D3 | Terakreditasi B |
| 2 | Kebidanan | D3 | Terakreditasi Baik Sekali |
| 3 | Ilmu Keperawatan | S1 | Terakreditasi B |
| 4 | Profesi Ners | Profesi | Terakreditasi B |
| 5 | Farmasi | S1 | Terakreditasi B |
| 6 | Ekonomi Syariah | S1 | Terakreditasi Baik |
| 7 | Akuntansi | S1 | Terakreditasi Baik |
| 8 | Teknik Industri | S1 | Terakreditasi Baik |
| 9 | Hukum | S1 | Terakreditasi Baik |
| 10 | Sistem Informasi | S1 | Terakreditasi Baik |
| 11 | Ilmu Komputer | S1 | Terakreditasi Baik |
| 12 | Pendidikan Guru Sekolah Dasar | S1 | Terakreditasi Baik |
| 13 | Matematika | S1 | Proses Akreditasi |
| 14 | Bisnis Digital | S1 | Terakreditasi Baik |
| 15 | Kebidanan | S1 | Proses Akreditasi |
| 16 | Profesi Kebidanan | Profesi | Proses Akreditasi |
| 17 | Gizi | S1 | Proses Akreditasi |
| 18 | Administrasi Rumah Sakit | S1 | Proses Akreditasi |
| 19 | Teknik Laboratorium Medis | D4 | Proses Akreditasi |
| 20 | Profesi Apoteker | Profesi | Proses Akreditasi |