Universitas Muhammadiyah Kudus menyediakan berbagai jenis beasiswa bagi mahasiswa berprestasi maupun mahasiswa kurang mampu yang bersumber dari instansi pemerintah maupun institusi non-pemerintah. Pengelolaan, pendaftaran, dan seleksi beasiswa UMKU diselenggarakan secara online maupun offline oleh Bagian Kemahasiswaan UMKU.
Beasiswa yang diberikan pemerintah diantaranya adalah :
- Bidik Misi
- BBP PPA
- PPA